L’histoire est centrée sur Light Yagami, ​un lycéen qui découvre un cahier aux pouvoirs surnaturels, le « Death Note ». Ancienne propriété d’un dieu de la mort, le Death Note permet à son utilisateur de tuer toute personne dont il connaît le nom et le visage. Le scénario suit les efforts de Light​ pour créer un monde utopique débarrassé du mal grâce au Death Note​, ainsi que les conflits entre lui et ses opposants.