L'histoire de Clannad commence le 14 avril 2003, au début de l'année scolaire, quand Tomoya rencontre par hasard Nagisa Furukawa, une jeune fille douce qui est plus âgée que lui d'une année, mais qui redouble sa dernière année de lycée car elle a été très malade l'année précédente. Elle veut rejoindre le club de théâtre, ce qu'elle n'a pas pu faire pendant sa maladie, mais elle découvre que le club a été dissous car tous ses membres sont allés à l'université. Comme Tomoya a du temps à perdre, il décide d'aider Nagisa à reformer un club de théâtre. Pendant cette période, il rencontre plusieurs autres filles, dont il fait la connaissance et qu'il aide à résoudre leurs problèmes.